その二十七
1. 実験室のマックに各班のデータが
「いくつか」入っているのは確認済みです。
そこから適当にいくつか選んで比較すればいいんじゃないのかな。
2. リゾチームは今回の実験で使っていないので、
pKa は求めなくてもよいのかと思います。
まあ、タンパク質中の Trp の pKa は free のとは違う、
くらいのことを書いておけばいいんじゃないのかな。
たしかに蟹。打ち込んだデータがいくつかあるから、それをここにのせてもいいけど。そすれば、かなりみんな楽かと。メールでファイルごと送ってもよいが、。
うちの班は、たいていのがうまくいってて、2500bpぐらいうってたら、昨日一時頃までかかってしまった。寝るときATCGとかが頭を渦巻いてた。
とりゐし、うちの班のデータをお持ちでいらっしゃるか？例のごとくおれはあまり中田。
ふむふむ。そういえばリゾチームはしてないね。
で、各班のデータの方だけど、ここに載せた方が確かにみんな楽だ！
というわけで、4班のデータを載せてみます。うちの班はBMAL1の
データがいまいちなのでFra-2の方しか解析できなかった…。
Fra-2(Forward Primerを入れた方。アンチセンス鎖)
5' agcaaccanc atgaactcna gtttttcctt ctccttctgg agctcagcaa tctctttttg aaggactgac ttttcctcct ccagcacctc agtttccgcc tggactttct ctgttagctc tcggcgcctg ttacnacatt tagcagctgc cagcttgttc ctctctctcc ggatccttcg cttctcttct tcctcgggcg acagctgctc atcncttcgt ctccgtccca ntgtggtgcc gatggttttg atgacacccg gtcgttnaan ggctgtgtgt ccggccacan agganancgg
tggcancggg tggctatang ggtgcgaacg anaatncggg ctggacangg angtgatnat tgt 3'
で、これを読むと
N末-TXIXSXSSPX XRSHXYSHP XPPXSXVAGH TAXXRPGVI KITIGTTXGR RRXDEQLSPE EEEKRRIRRE RNKLAAAKCX NRRRELTEKV QAETEVLEEE KSVLQKEIAE LQKEKEKXEF MXVA -C末
Fra-2(Reverse Primerをいれた方。センス鎖)
5' accgtcatca cctccatgtc cagcccgtac tctcgctcgc acccctatag ccacccgctg ccaccgctgt cctctgtggc cggacacaca ncccttcagc gaccgggtgt catcaaaacc atcggcacca cagtgggacg gagacgaagg gatgagcagc tgtcgcccga ggaagaagag aagcgaagga tccggagaga gaggaacaag ctggcagctg ctaaatgtcg taacaggcgc cgagagctaa cagagaaact ccaggcggaa actgangtgc tgaggangaa aagactttcc
ttcaaaaaga gattgctgag ctccagaagg agaaggaaaa actanagttc atgctggttg ctcana 3'
で、これを読むと
N末-TVITSMSSPY SRSHPYSHPL PPLSSVAGHT XLQRPGVIKT IGTTVGRRRR DEQLSPEEEE KRRIRRERNK LAAAKCRNRR RELTEKLQAE TXVLRXKRLS FKKRLLSSRR RRKNXSSCWL -C末
と言う結果でした。4班じゃない人、データ載せてね。
ごめん。
見にくいレイアウトになってしまいました。
うちの班(３班)は、結果が5個くらい出ているので、解析中です。のるのは明日ぐらいかな？
というわけで、3 班のデータです。
きちんと読めたのは一つだけでした。
BMAL1（Reverse Primer ; アンチセンス鎖）の配列から載せます。
5'-
caaccctcgttatctggctcgttatcttcatctactcccatttttgttggtggccagctt
tttagatatcccgtactgtggatggtgcaaaagcttttgcggtctttcttctttgaacag
gttgaaggaaaatccttgtcttctactttcactgaaggtctgttgcacttcatcctacaa
aagaaggaccgccttgctccagaacacagtcgtgatggcccgggtgttatatcaatttta
actgggagt -3'
これをアミノ酸配列に翻訳すると
N末-
LPVKIDITPGPSRLCSGARRSFFCRMKCNRPSVKVEDKDF
PSTCSKKKDRKSFCTIHSTGYLKSWPPTKMGLDEDNEPDN
EG -C末
となります。 ちなみに
DNA 配列 : 60 塩基ずつ
A.A.配列 : 40 残基ずつ
です。
> つかもとさんへ
区切りを入れておきました。
多分10残基ずつになっているはず。
土日と風邪ってたんで、解析不能です。ちかじかのせまする。
accgtcatcacctccatgtccagcccgtactcgcgctcgcacccctatagccacccgctg
ccaccgctgtcctctgtggccggacacacagcccttcagcgaccgggtgtcatcaaaacc
atcggcaccacagtgggacggagacgaagggatgagcagctgtcgcccgaggaagaagag
aagcgaaggatccggagagagaggaacaagctggcagctgctaaatgtcgtaacaggcgc
cgagagctaacagagaaactccaggcggaaactgaggtgctggaggaggaaaagtcagtc
cttcaaaaagagattgctgagctccagaaggagaaggaaaaactagagttcatgctggtt
gctca
でした。アミノ酸レベルでは、ニワトリfra-2と完全に一致。
DNAレベルでは、12個の塩基がニワトリと異なるようです。
1班のFra-2です。
Forward Primerの塩基配列
ACCGTCATCA CCTCCATGTC CAGCCCGTAC TCTCGCTCGC ACCCCTATAG CCACCCGCTG CCACCGCTGT CCTCTGTGGC CGGACACACA GCCCTTCAGC GACCGGGTGT CATCAAAACC ATCGGCACCA CAGTGGGACG GAGACGAAGG GATGAGCAGC TGTTGCCCGA GGAAGAAGAG AAGCGAAGGA TCCGGAGAGA GAGGAACAAG CTGGCAGCTG CTAAATGTCG TAACAGGCGC CGAGAGCTAA CAGAGAAACT CCAGGCGGAA ACTGAGGTGC TGGAGGAGGA AAAGTCAGTC CTTCAAAAAG AGATTGCTGA GCTCCGGAAG GAGAAGGAAA AACTAGAGTT CATGCTGGTT GCTCAA
Forward Primerのアミノ酸配列
TVITSMSSPY SRSHPYSHQL PPLSSVAGHT ALQRPGVIKT IGTTVGRRRR DEQLLPEEEE LRRIRRERNL LAAALSRNRR RELTELLQAE TEVLEEELSV LQIAELRLEL ELLFFMLVAQ
Reverse Primerの塩基配列
TCCATGTCCA GCCCGTACTC TCGCTCGCAC CCCTCTCGCC ACCCGCTGCC ACCGCTGTCA TATGTGGCCG GACACACAGC CCTTCAGCGA CCGGGTGTCA TCAAAACCAT CGGCACCACA GTGGGACGGA GACGAAGGGA TGAGCAGCTG TTGCCCGAGG AAGAAGAGAA GCGAAGGATC CGGAGAGAGA GGAACAAGCT GGCAGCTGCT AAATGTCGTA ACAGGCGCCG AGAGCTAACA GAGAAACTCC AGGCGGAAAC TGAGGTGCTG GAGGAGGAAA AGTCAGTCCT TCAAAAAGAG ATTGCTGAGC TCCAGAAGGA GAAGGAAAAA CTA
Reverse Primerのアミノ酸配列
SMSSPYSRSH PYSHPLPPLS YVAGHTALQR PGVKTIGTTV GRRRRDEQLL PNKLAAAKCR NRRRELTEKL QAETEVLEEE KSVLQKEIAE LQKEKEKL
なぜかロイシンジッパーがみごとに抜けているとの噂です。
みんなやってるんだ。
やっべえよぉ。
レポートやるにしてもその前に
片付けねばならぬことがあり…
板垣氏、皿井氏、うちゃん氏、もしものときは
電話攻撃しますです。
いまごろになって
青白４R (LANE21)
T GAACTGGCAT CCTTGGTACC AACGTGCAAC GCTATGTCTC NAAAGCTGGA
TAAACTCACT GTACTGAGGA TGGCAGTCCA GCATATGAAA ACATTACGTG
GTGCTACAAA CCCATATACA GAAGCCAACT ACAAGCCTGC CTTTCTGTCA
GATGACGAAT TAAAACATCT AATACTCAGG GCAGCAGATG GATTTCTCTT
TGTTGTGGGC TGTGACAGAC GGAAGATACT GTTTGTTTCA GAATCTGTCT
TCAAGATCCT CAACTACAGC CAGAATGATT TAATCGGGCA AANTTTATTT
GACTACCTGC ACCCAAAAGA CATTGCCAAA GTGAANGAGC AGCTGTCTTC
TTCTGACACC GCCCCACGAG AAAGGCTTAT ANATGCAAAA ACTGGACTCC
CAGTTAAAAC TGATATAACA CCCGGGCCAT CACNACTGTG TTCTGGANCA
AGGCGGTCCT TCTTTTGTAN GATGAAGTGC AACAGACCTT CAGTGAAAGT
NNAANACAAG GATTTTCCTT CCACCTGTTC NAANAANAAA GACGCAAAGC
TTCTGCACAT CCACAGTACG GGATATCTAA AAAGCTGGCC ACCACCNNNN
TTGGACTANA TGAANATNAC NAACCCNATA TCNAAGGTTT GA
これは、BMALのほうの青白のコロニーのReverseのDNA。
んで、AAの配列は
ELASLVPTCN AMSXKLDKLT VLRMAVQHMK TLRGATNPYT EANYKPAFLS DDELKHLILR AADGFLFVVG CDRRKILFVS ESVFKILNYS QNDLIGQXLF DYLHPKDIAK VXEQLSSSDT APRERLIXAK TGLPVKTDIT PGPSXLCSGX RRSFFCXMKC NRPSVKVXXK DFPSTCSXXK -DAK-LLHIH STGYLKSWPP
であります。
白いコロニーは
白４Ｒ (LANE 9)
TGAACTGGC ATCCTTGGTA CCAACGTGCA ACGCTATGTC TCGAAAGCTG
GATAAACTCA CTGTACTGAG GATGGCAGTC CAGCATATGA AAACATTACG
TGGTGCTACA AACCCATATA CAGAAGCCAA CTACAAGCCT GCCTTTCTGT
CAGATGACGA ATTAAAACAT CTAATACTCA GGGCAGCAGA TGGATTTCTC
TTTGTTGTGG GCTGTGACAG AGGGAAGATA CTGTTTGTTT CAGAATCTGT
CTTCAAGATC CTCAACTACA GCCAGAATGA TTTAATCGGG CAAAGTTTAT
TTGACTACCT GCACCCAAAA GACATTGCCA AAGTGAAGGA GCAGCTGTCT
TCTTCTGAGA CCGCCCCACG AGAAAGGCTT ATAGATGCAA AAACTGGACT
CCCAGTTAAA ACTGATATAA CACCCGGGCC ATCACGACTG TGTTCTGGAG
CAANGCGGTC CTTCTTTTGT ANGATGAANT GCAACAGACC TTCAGTGAAA
GTNNAAGACA AGGATTTTCC TTCAACCTGT TCAAAGAAGA AAGCAGACCG
CAAAAGCTTT TGCACCNTCC ACAGTACGGG ATATCTAAAA AACTGGCCAC
CAACNAAAAT GGGACTAGAT GAAGATAACN AACCCNATAA CGAAGGTTTG
A
で、AA配列は
ELASLVPTCN AMSRKLDKLT VLRMAVQHMK TLRGATNPYT EANYKPAFLS DDELKHLILR AADGFLFVVG CDRGKILFVS ESVFKILNYS QNDLIGQSLF DYLHPKDIAK VKEQLSSSET APRERLIDAK TGLPVKTDIT PGPSRLCSGA XRSFFCXMXC NRPSVKVXDK DFPSTCSKKK ADRKSFCTXH STGYLKNWPP TKMGLDEDNX PXNEG
といった感じ。青白と白のコロニーは、最後のところでDNAが45bpほど青白がすくないといったさがある。
あとFRA2
青白1Ｒ(LANE 15)
ANNGTCAT CACCTCCATG TCCAGCCCGT ACTCTCGCAC GCACCCCTAT
AGCCACCCGC TGCCACCGCT GTCCTCTGTG GCCGGACACA CAGCCCTTCA
GCGACCGGGT GTCATCAAAA CCATCGGCAC CACAGTGGGA CGGAGACGAA
GGGATGAGCA GCTGTCGCCC GAGGAAGAAG AGAAGCGAAG GATCCGGAGA
GAGAGGAACA AGCTGGCAGC TGCTAAATGT CGTAACAGGC GCCGAGAGCT
AACAGAGAAA CTCCAGGCGG AAACTGAGGT GCTGGAGGAG GAAAAGTCAG
TCCTTCAAAA AGAGATTGCT GAGCTCCAGA AGGAGAAGGA AAAACTANAG
TTCATGCTGG TTGCTC
でreverse primer AA配列は、
VITSMSSPYS RTHPYSHPLP PLSSVAGHTA LQRPGVIKTI GTTVGRRRRD EQLSPEEEEK RRIRRERNKL AAAKCRNRRR ELTEKLQAET EVLEEEKSVL QKEIAELQKE KEKLXFMLVA
という感じ。ただ、DETA BASE検索するときに何かうまくいかなかった。ロイシンジッパーらへんがxxxxxxxとかになったんで、しょうがなく手作業でやった。
10塩基／残基ごとにスペースを入れておきました。
英字だけの場合、スペースが入っていないとずっと１単語とみなされて改行が入らなくなるので、これから塩基／アミノ酸配列を書くときは注意してね。
上ので嘘発見。青白と白は2,3AAぐらいしか違わなかった。ちなみに後ろのほうは、手作業でやってみたけど全く配列が違ってprimerの配列だに出てなかったので却下。んー、どうやら、BMAL1の班ごとの違いを解析するのはむりか。
上に載せた1班の解析結果の噂はほんとにただの噂だったことが発覚。
よく見たらちゃんとうまくいってました、失礼。
Forward Primerのアミノ酸配列を少し直したので載せなおします。
Forward Primerの塩基配列
ACCGTCATCA CCTCCATGTC CAGCCCGTAC TCTCGCTCGC
ACCCCTATAG CCACCCGCTG CCACCGCTGT CCTCTGTGGC
CGGACACACA GCCCTTCAGC GACCGGGTGT CATCAAAACC
ATCGGCACCA CAGTGGGACG GAGACGAAGG GATGAGCAGC
TGTTGCCCGA GGAAGAAGAG AAGCGAAGGA TCCGGAGAGA
GAGGAACAAG CTGGCAGCTG CTAAATGTCG TAACAGGCGC
CGAGAGCTAA CAGAGAAACT CCAGGCGGAA ACTGAGGTGC
TGGAGGAGGA AAAGTCAGTC CTTCAAAAAG AGATTGCTGA
GCTCCAAAAG GAGAAGGAAA AACTAGAGTT CATGCTGGTT
GCTCAA
Forward Primerのアミノ酸配列
TVITSMSSPY SRSHPYSHPL PPLSSVAGHT ALQRPGVIKT
TVITSMSSPY SRSHPYSHPL PPLSSVAGHT ALQRPGVIKT
IGTTVGRRRR DEQLLPEEEE KRRIRRERNK LAAAKCRNRR
IGTTVGRRRR DEQLSPEEEE KRRIRRERNK LAAAKCRNRR
RELTEKLQAE TEVLEEEKSV LQKEIAELQK EKEKLEFMLV
RELTEKLQAE TEVLEEEKSV LQKEIAELQK EKEKLEFMLV
A
A
2行目にあるのがニワトリFra-2です。違いは1ヶ所、おしい！！
スキー行かない人もいるし。でも、もう提出してそうだけど。
６班BMALです。センス鎖側に統合した塩基配列は、
tgaactggca tccttggtac caacgtgcaa cgctatgtct cgaaagctgg
ataaactcac tgtactgagg atggcagtcc agcatatgaa aacattacgt
ggtgctacaa acccatatac agaagccaac tacaagcctg cctttctgtc
agatgacgaa ttaaaacatc taatactcag ggcagcagat ggatttctct
ttgttgtggg ctgtgacaga gggaagatac tgtttgtttc agaatctgtc
ttcaagatcc tcaactacag ccagaatgat ttaatcgggc aaagtttatt
tgactacctg cacccaaaag acattgccaa agtgaaggag cagctgtctt
cttcagacac cgccccacga gaaaggctta tagatgcaaa aactggactc
ccagttaaaa ctgatataac acccgggcca tcacgactgt gttctggagc
aaggcggtct ttcttttgta ggacgaagtg caacagacct tcagtgaaag
tagaagacaa ggattttcct tcaacctgtt caaagaagaa agcagaccgc
aaaagctttt gcaccatcca cagtacggga tatctaaaaa gctggccacc
aacaaaaatg ggactagatg aagataacga gccagataac gagggttg
アミノ酸配列は
ELASLVPTCN AMSRKLDKLT VLRMAVQHMK TLRGATNPYT EANYKPAFLS
DDELKHLILR AADGFLFVVG CDRGKILFVS ESVFKILNYS QNDLIGQSLF
DYLHPKDIAK VKEQLSSSDT APRERLIDAK TGLPVKTDIT PGPSRLCSGA
RRSFFCRTKC NRPSVKVEDK DFPSTCSKKK ADRKSFCTIH STGYLKSWPP
RRSFFCRMKC
TKMGLDEDNE PDNEG
ニワトリBMAL1b'と異なる部分だけ示しました。他は一致しています。
他班の結果と異なっていた塩基を読みなおしたら、読み間違えていたことが発覚。
6班Fra−2（センス鎖側に情報を統合）は、ホントは
accgtcatca cctccatgtc cagcccgtac tctcgctcgc acccctatag
ccacccgctg ccaccgctgt cctctgtggc cggacacaca gcccttcagc
gaccgggtgt catcaaaacc atcggcacca cagtgggacg gagacgaagg
gatgagcagc tgtcgcccga ggaagaagag aagcgaagga tccggagaga
gaggaacaag ctggcagctg ctaaatgtcg taacaggcgc cgagagctaa
cagagaaact ccaggcggaa actgaggtgc tggaggagga aaagtcagtc
cttcaaaaag agattgctga gctccagaag gagaaggaaa aactagagtt
catgctggtt gctca
33番目の塩基がGからTに変わりました。Nと出たところをよく見ずにGと判断したことが原因です。アミノ酸配列は以前と同じでニワトリと完全一致のハズです。
あぁ、最悪。レポートには、塩基配列が異なる原因として
「人間が読み間違えたり写し間違えたりするから」と書きます……
えっとよくみたらクワンがどうして
こけても３位かって事ですか。
えっと、やっぱその他の滑りのきれいさ
なめらかさ、全体の流れがとはいっても
下の選手よりはいいのと、ネームバリュー
ですね、はい。
もうそろそろネームバリューきかなくなってきたけど
いや、こういうことを言うために
ネットにつないだんじゃない。
実験レポート締め切りはいつで
どれを誰に出せばよいのか
教えてくださいな。
黒板にかかれていたのが消えてしまっていた。
おらもどこにだせばよいか
わかんないっす。
期限は2/28ときいたのだが。
量力IIIでレポート食らいました。
Lippmann-Schwingerのところとか全然わかってなかったのでしょうがないのですが。
風邪もひきました。今日やっと復活しかけです。
実験法のレポートもあるし大変です。
あと前多君メーリングリストご苦労様です。
実験 5 のはこんな感じだと思ったけど、、、
ゲルシフトと蛍光分光法：濡木先生 110号室
（横山研 staff room って書いてある部屋）
PCR 法 : 岡野先生 216 号室
（深田研のメンバーの顔写真がドアに張ってある部屋）
締め切りはともに 2/28 です。
浅利センセ、さんきゅう！
ところでサトヤタエ選手銅メダルなり！
浅利氏ありがと。
皆々様、火曜日学校きたらメールチェックしてください。
自主ゼミＭＬつくりました。参加希望の人は何にも書かないで
返信してください。
レポート提出場所は↑に描いてあります。
そもそもノートにメモった気がしていたのに見つからず、そのせいで
掲示板で見かけた気がしたのものも気のせいだと思ってしまった……
スマンです。
他の所にレスしてこの話題消そうかな？
やっぱ、くわんかな。
うーん、なんともいえないね。
クワンって、ここ数年、最後の大事な世界選手権だけ
調子をあわせてきて優勝しているから
こんシーズン調子悪いけどオリンピックどうなるかわからん。
僕はクワンに優勝して欲しいな。
優勝したらクワンきっと泣いちゃうんだろうな。
でもスルツカヤが優勝して泣いちゃうっていう場面もみたいな。
だってこのまえの世界選手権２位で優勝できなくって
表彰台でわんわんないちゃっててさ。
うーんペアみたいに２人に金メダルとかならいいのにね。
＞ところで実験レポートの締めきりっていつ？
そういえば、フランスの審判はカナダ側から圧力がかかっていたとインタビューで答えたらしいね…
ペアの点数見ると、カナダだけが0.3点差ついてて、他の国は0.1点差以内に収まってる。というわけで、部外者には、難しい問題であることしか分かりません。
「カナダだけが0.3点差ついてて」は「0.3点差つけてて」の間違いです……
カワムラ氏、
ギャグの意味がわかりませぬ。
んーでもさっきテレビでアメリカには
もう一人期待の新星がいることが発覚！
ぼく実はそっち派かも・・・
くぁんさんの先祖って日本人かな？
むしろちゃいにーずとかじゃないかな、名前からすると。
なるへそ。
おしんに似ているとおもったのになぁ
クワンの両親は中国人です。
お母さんはクワンにめちゃくちゃ似ていて、
そして年のわりに美人です。
また田中君のいっていたアメリカの申請は
ロシアからの移民です。
だからアメリカの選手３人中２人が、ロシア人
と中国人の移民、というわけでさすがメルティング
なんとかというだけありますね。はい。
＞明日はとうとう女子のフリーです。
かくれフィギュアファンの塚本さん、
ドントミスイットです。
くわんさんに3000点で。
すぐりさん、よかったんじゃないっすか？？
カワムラ氏！
サラヒューズかわいすぎじゃない。
１６才とは・・・。
だしょー？
表現力の採点の基準がわからんべ。
こけるのは技術点にしかひびかないの？
クワンそれほどよく見えなかったけど・・・。
川村よ。解説してくださいな。
解説のカワムラさん、
くわんさんこけちゃいました（悲）
やっぱ、オリンピックはわからんね。
な、なんと！
ちょうだい！！
控え室においてもらえれば、取りにいきます。
次に行くのはおそらく28日なので、その時に。