その74
どこでやるの？
今日、実験が終わった後、３年生が控え室の掃除をしていました。
床もクレンザーで磨いてきれいにしていました。
そういうわけで、みんな汚しちゃだめだよー。
今年のジャン氏率を確かめに行こうかな．
でも、非常に楽しい夢でした。
意味も無く薬学部の教室のHPを上から
下まで全部みて，どないなメンバーおるねん
とチェックした．
凹み．
いえません．
一人図書室でもだえております．
昨日はいい夢が見れるはずだったのに
なんも見れませんでした．
うさぎもねこもなにも出てきませんでした．
おめでとうございます。
ありがとうございます．
一年目からリストラにあわないようガム張りマス！！
こういうとき，「台風がきているので
早めに帰ります．」といえない距離に住んでいる
ことが，損している気になる．
「今日は、台風なのですずめ荘に
泊まろう」と提案したところ、
内定者のみなさんに却下されました。
じゃー，次は愛を結晶化しよう．
まえだくんががんばってください。
かわむらくん、
どこにいるんですか？
自宅に電話してよい？
ちょっとこわいけど。
バイオハザードみたいに
襲ってこない？
明日になりました．
カワムラクン，七時馬場集合でよい？
六時になりました。
んで、結果はぁ？（ ´_ゝ｀）
ふくちゃん（自称：福山雅治）が一万勝ち。
それを他が均等に負担した格好になりました。
福山雅治の名を語れるのは僕だけです！
どっちが福山か，中島さんに判定してもらいましょう！！
だめです！！。
そもそも
なかじまさんは、あんち福山です。
佐野先生のところに名前を忘れてしまったのですが
進化をやっている人が東大で発表させてくれ、と
言ってきたそうです。
具体的にどんな内容なのか、と聞いたところ
DNA複製のときリーディング鎖とラギング鎖で
前者より後者の方が間違いが起こりやすい、
というのを考えてモデルをたてるとどうのこうの
という話らしいです。
はぁー？ラギング鎖のほうが間違いが多いー？
ありえないですよー、と言ってしまいました。
DNApolⅢのexonuclease活性がありゃ、
そんな劇的に違ってくるはずがない！と
思ったのですが、実際のところそういうことを
示唆するデータが出ているのでしょうか？
その仮定以降の話をまったくきいていなかった
ので、結局どういった結果が得られたのかよく
しりませんが、『現代思想』とかにキジを書いている
そうです。
scientificなセミナーではなく
洗脳セミナーなんじゃないか…
Journal of theoretical biology
とかいうジャーナルにのっけたりしているそうですが
だれもよみゃしねーって。
医学部図書館とか理物図書館とかにあるらしい
のですが、一冊も欠けることなく、いついっても
最新号からバックナンバーまで必ずそろっているそうです。
今年佐野研をうけたのは９人いたそうです。
うひゃー、と思いました。
その受験者のひとりで、京都大学の物理学教室の
人が、チューブリンの形成のダイナミクスをやっている
そうなのですが、GTPじゃなくて全然違う化学物質
をいれたらチューブリンが重合していくそうです。
何がおこってんだ？
こんなの見つけた。とっかかりにどうぞ。
一番下の奴ね。
別にトンデモな発想でもなかったんじゃないかと。
96年より年月の経った今はどうか知らないですが。
それってふるさわ先生だったりしない？
違うかな？
リーディング鎖で元本保証に使われるため変異は入りにくく、ラギング鎖は変異が入りやすくなっている
という考えらしく、詳しくはウチャンに聞いてくれ。
過程が複雑度がちがうというのは当然の話だけど
mutationの入りやすさの差がそんなにかわってくる
とは思えない．なんのためのproof readingだ？
とりあえず論文が信じるに足るかどうか
よんでみます．
正直，科学者というより思想家という印象です．
DNAのmissmatch×proof readingのmiss
で一体10^－何乗になるんだよってことじゃないですか？
leadingとlaggingで10倍違ってもその程度の
確率なら他の要因(recombination，F' plasmidとかの
deletion)の方がよっぽどmutation入れるのにきいてくる
気がするのですが．
というのが僕の主張です．
論文発見しました，
果たしてどのような実験をしているのでしょうか．
ちなみに，確かその古沢氏だったとおもいます．
噂の阪大の四方先生は，駒場で複雑系の進化やってる
金子先生と組んでなにやらあやしげな実験をやっているそうです．
あやしげなプロット3点で論文書こうとしているそうです．
横山研ばんざい！！
さすが横山研！
味の違いがわかる方々だ！！
政権交代だね、こりゃもう。
調子にのってんじゃねーぞー、たけのこさんよー。
つんつんとがってっから、はぐきにあたって
痛いんだよ！
ていうか、たけのこの里って何？
まじ意味わかんないんだけど(O嬢風)
今いちおしなのは，今週のNatureの『禅』の論文．
田中くん，おどろくなかれなんと1ページですよ！！
お寺の構造に関する論文ですから，一応
Structural Biologyです．
brief communicationsだからね．
たぶん，横山先生は
「あぅ，してやられた！」
と思ってるよ．
それで、いきます！！！！！
しかし、1ページだからといって
油断大敵、火がボォーボォーですぞ。
1日1行ずつ来週から読み始めたいと思います！！
一応、お寺に関する予備知識が必要そうですね。
あと、禅か・・・・
禅宗って、栄西だっけ？忘れた・・・・
3号館での絶対優位性が示されたとき、
間違いなく政権交代となるでしょう。
きのこ一揆が巻き起こる日はそう遠くないはずです。
臨済宗みたいなので栄西で正解っぽいです。
Cleavage of Scarecrow-like mRNA Targets Directed by a Class of Arabidopsis miRNA
Cesar Llave, Zhixin Xie, Kristin D. Kasschau, and James C. Carrington
Science Sep 20 2002: 2053-2056
これも熱い．
今週のNatureといいScienceといい，最高だ．
miRNA39はこれまでのmiRNAとは違った働きをしている．
Ribozymeだね．
田中くん，僕が論文発表の原稿作ってもいいよ．
これなら横山研的にもオッケーかもしれないし．
Natureでおもしろかったやつ．
Robustness of the BMP morphogen gradient in Drosophila embryonic patterning
AVIGDOR ELDAR, RUSLAN DORFMAN, DANIEL WEISS, HILARY ASHE, BEN-ZION SHILO & NAAMA BARKAI
今月2つめのCell．
先日の飲み会で噂のEGF receptor
Extracellular domainの構造．
Crystal Structure of a Truncated Epidermal Growth Factor Receptor Extracellular Domain Bound to Transforming Growth Factor
Thomas P.J. Garrett, Neil M. McKern, Meizhen Lou, Thomas C. Elleman, Timothy E. Adams, George O. Lovrecz, Hong-Jian Zhu, Francesca Walker, Morry J. Frenkel, Peter A. Hoyne, Robert N. Jorissen, Edouard C. Nice, Antony W. Burgess, and Colin W. Ward
Crystal Structure of the Complex of Human Epidermal Growth Factor and Receptor Extracellular Domains
Hideo Ogiso, Ryuichiro Ishitani, Osamu Nureki, Shuya Fukai, Mari Yamanaka, Jae-Hoon Kim, Kazuki Saito, Ayako Sakamoto, Mio Inoue, Mikako Shirouzu, and Shigeyuki Yokoyama
２つあわせてよんでみよう．
今週は個人的におもしろい論文がたくさんで
大変だ．
田中くん，Cellのやつは読まないと駄目だよ．
濡れ期先生とディスカッションしに行きなさい．
Natureのやつは，春くらいに似たような
論文が同じくNatureにのってたと思ったら
まぁ，結構おもしろい結果がでてました．
そういえば，odorant receptorの論文も出てたね．
ダウンロードしてそのままだ．
時間ないからアブストだけかな．
がんばるぉぉ！
しかし、せるって・・・・
長いィィィィィ。
リボ財務はたしかにわたしの
十八番？です。
どんな基礎的知識が必要ですか？
例えば、今わたしがやってるATリボ財務は
tRNAについての知識が必要だったので、
論文読む前にヴォート生化学をよんで、
tRNAを勉強しました。
RNAiに関する知識を少し。
Cellは長いですよ。
でも、たなかせんせならだいじょーぶ。
高校の同級生と浅野の生協前で会いました。
院は内部推薦で工学部のシステム量子だそうです。
来年１年くらい休学してスウェーデンの研究所に
いきたいそうです。
510くんはわかるかな？稲垣健太です。
彼とは2年のとき同じクラスで松野くんと
３人でよく勉強してました。
それぞれの道を歩んでいるのだな、と思いました。
長いのはやだぁぁぁ。
RNAiって、RNA干渉のこと？
RNA interferenceね．
やはり。
ところで、幽体離脱の論文は結局、どんなかんじだったの？
面白いなら、読んでみたいけど。
ところで、幽体離脱の論文は結局、どんなかんじだったの？
面白いなら、幽体離脱してみたいんだけど。
控え室のどっかにプリントアウトしたのが落ちてるので読めれ。
>たなかくん
ワラタ
今週のNatureでは
「禅」がでてました．
もち京大です．
ぬうー，和の心を留学生が説くとは…
おそるべし国際化．
一個前くらいのNatureに
Out of Body experienceを含むようなタイトルの
論文があったので見てみたら
人工子宮かなんかの話・・・・全然違うやん
それはそうと，microRNAとsiRNAの違いって何?
siRNAはRNAiを引き起こすssRNAと認識しています．
dsRNAがDicerで切断されてできた22ntほどのssRNA．
miRNAはゲノム上におちているnon-coding geneで，
miRNA-cluster(>1k)が転写されて，なにによってか
わかりませんが，～70ntほどにそれぞれprocessingをうけ，
Dicerによって22ntほどのssRNAになったものです．
miRNAはtarget mRNAの3'UTRに不完全に相補結合して
dsRNAを形成するとなぜか翻訳がおこらなくなります．
二番目の論文は，これまたなぜだかわからないけど，
miRNAが結合した領域でtarget RNAの分断がおこると
いう内容だったと思います．
miRNAは広く存在し，100近く同定されています．
しかも，今回の論文で，単純にtargetの翻訳を抑えるという
こと以上の機能を担っている…ということが示唆されました．
僕はハエのmiRNAのひとつであるlet-7を卒論でやっている
わけですが，これ，なかなか応用価値があると思います．
let-7でRNAiもおこるということは，targetRNAの分解が
おこるかどうかは，dsRNAにどれだけ相補性があるか，ということ
によってくる，ということを示唆しています．
HIV virusのgenome RNAをRNAiで分解して
感染を防ぐ，といった論文がNatureにでていた
と思いますが(in vitro)，完全に相補したdsRNA
だと，ホストのRNAにもRNAiがおこってしまいます．
もし，miRNAとsiRNAの間でどこまでメカニズムが共通か，
また，miRNAがsequence non-specificであることが
いえれば，HIV genome RNAがhost genomeにintegration
しても，capsid gene転写産物の翻訳だけを抑えることが
可能です．これによって，HIVに感染しても，pro-phage
状態の要領でvirus増殖を抑えることが可能です．
僕はハエのmetamorphosisでlet-7がきいているか
どうかを調べているわけですが，miRNA自体，応用価値
がありまた基礎研究のテーマとしても将来性は
あるのではないかと思っています．
S研究室に将来性があるかどうかは各自の判断にゆだねます．