その82
僕は、株主重視の世の中を目指してがんばります。
日本の経営者は、株主のことを考えなさすぎ。
これは、もちろん経営者だけの問題ではありませぬ。
現在の日本のシステムに問題があります。
computational biologyというのは何もブラックボックス
を模すだけでなく、実際の実験系に対する有益な情報をくれる
、こともある。
ただ、bioinfoというと、simulationするだけだと思われて
いるのが残念である。simulationはしても実際の系にfeedback
されなければ意味がない。もし、bioinfoが電脳世界のみに居
住空間を求めるならば、それは上のスレのように否定的にならざ
るを得ない。
computational biologyというのは何もブラックボックス
を模すだけでなく、実際の実験系に対する有益な情報をくれる
、こともある。
に対して。
それはそうでしょう。
そのような研究の多くの方向性がそうなのだから。
それすらできあにようではほんとに学問分野のかちがない。
問題なのは確かにフィードバック。
細菌のNatureの論文でハエのDorso-Ventral軸の
BMP morphogenのシグナリングに関するシミュレーションから
ligand-receptor特異性を予想し、mutantを解析して
じっさいそのとおりであった、というのがあったけど
シミュレーションのパラメーターｂｪはたして
実験対応しているかというのが問題。
シミュレーションは手段であって
それからなんらの結論は導かれない
と主今する。
じっけんによってのみ、真実が語られると
思うのはもちろんです。
上でいったハエのろんぶんですが、
背原軸で二次元的拡散方程式をたてなければ
いけないところを、一次元に近似しているあたり
でよ向きをなくしました
実験へのフィードバックなのです。
その…は非常に問題と思っています。
その点どうにかせねば。
シミュレーションして実験して
Nature,Scienceの医大はもうつづかんだろうね。
そういうわけで、わつぃはさのけんにいくんですわ。
実験と理論をバランス良くできるのは東大では
あすこしかなさそうだった。
佐野先生には「僕は実験でなにかを結論している
ものでないと紹介はしたくありません。」
といって、毎週土曜のせみなあに参加して今する。
実際そのような研究のすくないことよよ！
実験が困難であるためにシミュレーションに
たよっている、というのがじつじょうでしょうから。
そういうかんがえは、 infomaticsやっているひと
みんながもっているとおもいます。
去年の学生実習で、すぎもとさんとはなしていたけど
理研のほうでも、infoのひととbioのひとが
いっしょにセミナーひらいたけど、ことばがつうじなくて
すごいたいへんなんだ、ということを聞いたことが
あるそうです。
近藤滋氏も、たいへんだー、みたいなことを
おっしゃっていた。
infoとbioで話が通じないのはお互いに勉強不足だからでしょ。
基本的なことは、事前に勉強しておくことが必要かと。一ヶ月も
すれば、他分野のヒトの話についていくことぐらいはできると思
うけど。別にその分野の最先端の研究をやるわけではないので。
infoで何か有益な結論がでないなら、昔の理論物理と同じ立場で
あると考えられる。理論とは公理もしくは原理から演繹によって
結論を得るものであるとするならば、infoがやろうとしている立場
は問題ないと思う。シミュレーションやってただ喜んでいるのは無
意味。ただ、基本前提とする仮定(これは実験でも同じであると思うが)に対する考察が足りないだけであろう。
もしくは、実験でも同程度の考察からのみ始めているにもかかわらず、
そのような差が現れるとすれば、それはただ単に実験という衣をまとっ
ているからにすぎないからだと思うのだが。
molecular bioが確たることを実験的に言えるのはその名の通り
「分子」にいかりをおろしているから。
基本前提仮定がしっかりしている。
広義にinfoといわずに、話をsystem bioに限っていうと
前提となる仮定があまい。拡散方程式のような定式化も
マルコフモデルとかのアルゴリズムも、それに対する
考察が果たして十分なのか？とおもう。
しがいうところの理論の意味にのっとれば、
不確実な公理原理から演繹されて導かれた特殊原理はより
不確実であり、結論は正しいともなんともいえないだろう。
だから、実験という衣は仕事の裏づけ・意味付けに重要な
位置をしめてくる。
そういう意味で「実験的なフィードバック」と言っていたのでは
ないの？
複雑怪奇なことを一挙に説明するのではなくもっと基本的な
ことを堅実な前提のもとに論じることも必要だと思う。
genome wideなnetworkじゃなくてもいいのではないかな？
今は実験事実の追試の格好で別の観点からの「説明」を
しているような感じだけど、可能性は感じる。
そういう意味で「中立的」。
↑にたくさん書かれた事はinfo
やってるひとはみんな思ってるんだろうけどね。
生化をでて、そういうことに興味もってその道を
歩まれている方はそこそこいる。
前述の近藤滋氏、中山洋一氏、山口智彦氏、等々。
Ｙ山研出身者で理研でNeural Networkやってる
人もいるはず。今D3くらいかな？
疲れ果てて寝ていました。
３日ぶりくらいに家でネタ…
今から学校戻ります。
そうじも、チップ洗いもサボって寝ていた。
ごみすてします。
たじりさんにねんをおされたので、
いちおうちっぷもあらいます。
ごみすてました。
ちっぷもあらいました。
つかれました。
さいえんすはまだこうしんされません。
ちっぷ洗ってるってありえなくね？
たじりさんと共同実験してんの？
ぼくはたじりさんのすれいぶです
まぁじでぇ？？
なにさせられてんすか？
きのうはハエえさをたくさんつくりました。
きょうからはチップつめです。
Sgけんはハエをかわなくてもハエのえさはつくらねば
ならんのです。
まじで？なんで？
ハエのえさは、はえ研がするの
スジってもんじゃ？？
社会ってのはりふじんにできてるものなんだよ。
なんとまぁ、ひていすべきようそがまったくない
＞ひごろのおこない
ははは・・・
日ごろの行いをかえれば、あの塩は
リボ財務になってくれるというのですかぁ？
マエダせんせい！！！
キセくんは、卒研発表でY山研のエース的存在なので
がんばってもらいたいですたい。
ちなみにY山研のとりは、わたすです。
（O竹さん？）→きせくん→理研のS氏→しげちん→タナカ
おたけさんにおねがいして
いっちばんしあごにやってくれー、っていってみたら？
あるいみおたけさんはFAみたいなもんだから。
しあごってなんだ。
さいごね。
いかんいかん、ついほんみょういいそうになった。
Oがいっこたりないからだいじょうぶだよね。
Oたけさんですから。
だいじょーぶ。
これからは一日一善でいきましょう！
まずは一日一チップつめから。
一日一チップじゃ、一箱つめるのに
100日かかります。
せんりのみちもいっぽから。
しげちね。
わだち先生→Sg先生→わたし
というパスもかんがえられたが。
しらべればれんらくさきくらいわかるんとちがうかね？
しげちん、どしたの？
なんかわるさでも働いたのかい？？
何だろな？とりあえず月曜いってみっぺ。
あー、なんか、わだち先生というより
ワダチ研の院生の人からだった。
忘年会だって。
わだちせんせいのところにいくまえに
これを見ることをいのる。
ま、いきなり間違えていってもわだち先生なら
わらって許してくれるさ。
あっちにいけばうけるかもよ?!
なんたって後藤さんのお墨付きだから。
えっ？男に？？
そりゃ、しげっちのはなしだべ。
とくべつじっけんしかとらないと、
ひじょうにものさびしい。
Y山県には、たにもっちゃんから
タナカが全員の分を取りに来るようになる
電話が一本入りました。
そうとう暇人だと思われてるらしい。
事実だが。
かなりするどいね。
こんぴてんとせるつくらないとほー
なんで、経済学部ごときにそんなことがわかるんじゃぁぁぁ？
とからんだところ、
「だって、結晶っていったら、しおじゃん。NaCL。」
「・・・・・」
まぁ，そんなかんじだろうけどね．
僕も小学校の時塩化ナトリウムを結晶化させました．
かなりきれいな結晶でした．
中学校の時は十円玉を硝酸銀でコーティングしました．
高校はなんにもやってません．
やっぱ、だれでもわかるオチだったすね。
多分、小学生でもわかるんだろうね。
そういえば，何が入ってるかわからない黄色の農薬とか
赤色の劇薬とかを，ゴミ捨て場で拾った試験管に入れて
セミとかバッタとかにぶっ掛けて遊んでいたなぁ…
今考えるとそらおそろしい．
沖塚原の沖川のメダカを取りまくって
危うく全滅にまでおいこんだのは私です．
たなかくん，げんごろうとかタガメとか
みたことある？
タガメってほんと凶悪なつらしてるよ．
ヤゴもかなり悪人面だね．
水生の節足動物で肉食系のやつは
たいてい悪人．
節足動物といっていいのかな？
系統分類上，もっといい言い方あるのかな．
げんごろうは湖でたしかみたはず。
たがめは、以前ロンブーがテレビの
罰ゲームで食べさせられたところを
みました。
いまではもうみられんくなったなぁ。
わたしがかくらんしたせいかもしれんが。
のうやくさんぷのせいでしょうけどね。
たがめはほんとにいなくなっちゃった。
いるとこにはいるんだろうけど
ボクもシゲチンから
ハーバードボールペンもらったもんね！！
これでボクも・・・・？
ハーバードの有名人ってだれ？
おれいにマグカップをごとうくんにあげました。
ウーロン茶の茶缶もあげました。
につめあ〜うと〜
すな〜おに〜おしゃ〜べり〜
でき〜なぁ〜い〜〜
につめあってます
↑それ、みつめあってるんじゃ？？
ろしあは、いもがうまいらしいから
いもは絶対いれよう！
煮詰まってるってゆうか、むしろ
その逆かなぁ。
りぼざいむが煮詰まるはずだったのに。
しおだったもんなぁ。
このしお、おにぎりにでも
ふりかけて食べればおいしいんだろうなぁと
物思いにふける毎日でふ。